2014年4月28日，中科院科技促进发展局、中科院上海分院、浙江省科技厅、嘉兴市政府共同签署了《关于支持推进浙江省“五水共治”的战略合作协议书》，共同在浙江省嘉兴市建设中科院“五水共治”示范区，立足嘉兴，服务浙江，辐射长三角，为浙江省科技治水和循环农业发展提供技术支撑和应用服务。
示范区前期调研、规划审定和技术成果遴选工作已于5月27日初步完成。中科院“五水共治”示范区的总体布局150平方公里，由嘉兴市南湖区东片83平方公里和嘉兴市秀洲区西片67平方公里组成，其中核心区由南湖区新丰镇金章村、竹林村、净相村、横港村和秀洲区新塍镇的新塍镇镇区、富园村、沙家浜村、观音桥村共36.88平方公里组成，核心区域内自然村庄159个，总户数11013户，人口31260人，大小河道210条，长度78.49公里。建设目标为河道水体显著改善、恢复生态自净功能，农村生活污水和家庭工业污水集约化生态处理，修复受污染的土地，建立测土配方施肥施药、减控农业面源污染，初步实现美丽乡村建设。核心区建设期为一年，计划于2015年5月基本建成；150平方公里示范区建设期为二年，计划于2016年5月基本建成。
示范区建设纳入中国科学院STS（Science and Technology Service Network Initiative）科技服务网络计划，由浙江中科院应用技术研究院负责统一牵头组织和管理，并引入市场化资金和建设机制，形成低成本、高效率、可持续的市场化建设模式；嘉兴市和南湖区、秀洲区政府提供政策支持、资金配套，建立相应的支撑服务体系。中科院优先推进中科院亚热带生态农业研究所、中科院南京土壤研究所、中科院南京地理湖泊研究所、中科院城市环境研究所、中科院广州地球化学研究所5家研究所的技术和成果在示范区集成和应用，优先布局共11个重大环境治理项目和环境监测项目在示范区的核心区先行先试，包括农村养殖污水、农业废弃物污染、农村生活污水、城市生活污水、工业污水方面的治理减控技术、循环再利用技术和生态修复技术，以及受污染土壤修复技术、工业污泥及河道污泥的低成本无害化处理和再利用技术等。
